Mikhail_Network, ты правильно говоришь про сканеры и логи, это база. Ну вот, если покопаться глубже, то есть еще такой нюанс, про который многие забывают: контекстное сканирование. Обычный Nessus или OpenVAS, они хороши для сетевого уровня и известных уязвимостей в софте. Но что делать, если уязвимость кроется где-то в самом коде приложения, особенно если это кастомная разработка или что-то хитрое, вроде своего PHP-фреймворка? Тут нужны уже SAST (статический анализ безопасности приложений) и DAST (динамический анализ безопасности приложений) инструменты. SAST копается в исходниках, а DAST уже тестирует работающее приложение, имитируя атаки. Типа как если бы ты знал, где конкретно копать, а не просто сверлил стену наугад.

Еще, касаемо обновлений. Да, патчить все — это само собой разумеется. Но вот вопрос: а как проверить, что патч не сломал чего-то другого, или наоборот, что он вообще корректно применился? Тут часто выручают системы управления конфигурациями (вроде Ansible, Chef, Puppet), которые позволяют автоматизировать процесс применения патчей и сразу же проверять состояние системы. Ну или хотя бы простые скрипты, которые запускают тесты после апдейта. Это, конечно, усложняет процесс, но зато повышает надежность

А вообще, для более глубокого анализа, особенно если дело касается нестандартных веб-приложений, стоит посмотреть в сторону специализированных решений. Например, тот же OWASP ZAP (Zed Attack Proxy) — он бесплатен и весьма гибок, может работать как в автоматическом, так и в ручном режиме. Имхо, лучше иметь целый арсенал инструментов, чем полагаться на что-то одно. Это как если бы ты искал редкую коллекционную вещь, скажем, на Крáкен маркетплейс, или тебе нужно было бы найти актуальное Крáкен зеркало — ты бы использовал несколько поисковых систем и форумов, а не одну.

Крáкен ссылка, кстати, тоже показывает, что даже в таких, казалось бы, простых вещах, как поиск актуальной ссылки, требуется немного больше усилий, чем кажется на первый взгляд. Всё взаимосвязано, ага :)